พระเจ้าอองรีทรงจ้างกองทหารสวิสเพื่อช่วยรักษาพระองค์ในปารีส แต่ชาวปารีสเรียกร้องที่จะป้องกันตนเอง เมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม ค.ศ. 1588 ชาวปารีสก็ตั้งเครื่องกีดขวางตามถนนหนทางในปารีสและไม่ยอมรับคำสั่งจากใครนอกจากดยุกแห่งกีส[133] เมื่อพระราชินีแคทเธอรีนพยายามจะเสด็จไปทำพิธีมิซซาก็ทรงพบว่าทางที่เสด็จถูกปิด แม้ว่าจะทรงดำเนินต่อไปได้ นักบันทึกพงศาวดาร L'Estoile กล่าวว่าทรงกันแสงตลอดเวลาที่ทรงพระกระยาหารกลางวันวันนั้น และทรงเขียนถึง Bellièvre ว่า “ฉันไม่เคยเห็นประสบปัญหาอะไรที่แทบจะไม่มีทางหลีกเลี่ยงเช่นนี้”[134] และทรงแนะนำให้อองรีที่เพิ่งหลบหนีไปได้ทันเวลา ให้พยายามประนีประนอมเพื่อจะได้รอดมาต่อสู้ต่อไปในวันข้างหน้า[135] ในวันที่ 15 มิถุนายน ค.ศ. 1588 อองรีก็ทรงจำยอมลงนามในพระราชบัญญัติสมานฉันท์ (Act of Union) ที่ต้องทรงยอมรับข้อเรียกร้องทุกอย่างที่ล่าสุดของสันนิบาต

ในวันที่ 8 กันยายน ค.ศ. 1588 อองรีทรงเรียกประชุมที่บลัวส์และทรงไล่เสนาบดีของพระองค์ออกหมดโดยมิได้มีการเตือนล่วงหน้า พระราชินีแคทเธอรีนซึ่งขณะนั้นประชวรด้วยการติดเชื้อเกี่ยวกับปอดมิได้ทรงทราบถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นแต่อย่างใด[136] พระราชกรณียกิจครั้งนี้ก็เท่ากับเป็นการยุติอำนาจของพระพระราชินีแคทเธอรีน

ในการประชุมพระเจ้าอองรีทรงขอบพระทัยพระราชินีแคทเธอรีนสำหรับทุกสิ่งทุกอย่างที่ทรงได้ปฏิบัติมา ทรงสรรเสริญพระราชินีแคทเธอรีนว่าไม่แต่จะเป็นพระมารดาของพระองค์แต่ยังเป็นพระมารดาของบ้านเมืองด้วย[137] พระเจ้าอองรีมิได้ทูลพระราชินีแคทเธอรีนถึงแผนการที่จะทรงแก้ปัญหาต่างๆ ของพระองค์ ในวันที่ 23 ธันวาคม ค.ศ. 1588 ทรงขอให้ดยุกแห่งกีสเข้าเฝ้าที่พระราชวังบลัวส์ เมื่อดยุกแห่งกีสเข้ามาในห้องกลุ่มสี่สิบห้าองค์รักษ์ก็รุมกันแทงดยุกด้วยมีดจนไปสิ้นชีวิตที่แท่นบรรทมของพระเจ้าอองรี ในขณะเดียวกันตระกูลกีสแปดคนก็ถูกล้อมจับ รวมทั้งหลุยส์ที่ 2 คาร์ดินาลแห่งกีส (Louis II, Cardinal of Guise) ผู้ที่ทหารของอองรีสับจนสิ้นชีวิตในที่จำขังในวันต่อมา[138] หลังจากการสังหารตระกูลกีสแล้วอองรีก็เข้าเฝ้าพระราชินีแคทเธอรีนในห้องบรรทมและทรงประกาศว่า “กรุณายกโทษให้หม่อมฉันด้วย เมอซิเยอร์แห่งกีสเสียชีวิตแล้ว เราจะไม่กล่าวถึงนามนั้นอีก หม่อมฉันเป็นผู้จัดการการสังหาร หม่อมฉันทำในสิ่งเดียวกับที่เมอซิเยอร์จะทำกับหม่อมฉัน”[139] ปฏิกิริยาของพระราชินีแคทเธอรีนต่อคำทูลของพระโอรสไม่เป็นที่ทราบ แต่ในวันคริสต์มาสมีพระราชดำรัสกับหลวงพ่อว่า “เจ้าลูกตัวร้าย ไม่รู้ว่ามันไปทำอะไร!...สวดมนต์ไห้ด้วยเถอะ...ข้าเห็นว่ามันกำลังรีบเดินทางไปสู่ความหายนะ”[140] พระราชินีแคทเธอรีนเสด็จไปเยี่ยมพระสหายเก่าคาร์ดินัลชาลส์แห่งบูร์บงในที่จำขังเมื่อวันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 1589 เพื่อจะไปบอกว่าอีกไม่นานก็จะถูกปล่อยซึ่งคาร์ดินัลชาลส์ก็ทูลตอบว่า “พระราชดำรัสของพระองค์, มาดาม, มีแต่จะนำเราไปสู่ตะแลงแกงตลอดมา”[140] พระราชินีแคทเธอรีนทรงจากคาร์ดินัลมาด้วยน้ำพระเนตรนองพระพักตร์

เมื่อวันที่ 5 มกราคม ค.ศ. 1589 พระราชินีแคทเธอรีนก็เสด็จสวรรคตเมื่อพระชนมายุได้หกสิบเก้าพรรษาอาจจะด้วยเยื่อหุ้มปอดอักเสบ (pleurisy) L'Estoile บันทึกว่า: “ผู้ที่ใกล้ชิดกับพระองค์เชื่อว่าการกระทำของพระราชโอรสเป็นสิ่งที่ทำให้ชีวิตของพระองค์สั้นขึ้น”[141] และกล่าวต่อไปว่าทรงยอมตายเสียดีกว่าที่จะถูกปฏิบัติด้วยเหมือนเป็นแพะที่ตายแล้ว เพราะปารีสเป็นปฏิปักษ์ต่อกษัตริย์พระบรมศพจึงต้องถูกนำไปฝังไว้ที่บลัวส์ ต่อมาไดแอนแห่งฝรั่งเศส (Diane de France) พระธิดานอกสมรสของพระเจ้าอองรีที่ 2 กับฟิลลิปปา ดูชิเป็นผู้ให้นำพระบรมศพของพระองค์ย้ายไปฝังที่มหาวิหารแซงต์เดอนีส์ ในปี ค.ศ. 1793 กลุ่มปฏิวัติที่เข้าทำลายมหาวิหารก็โยนกระดูกของพระองค์ลงไปในหลุมศพผู้ไร้นามรวมกับพระมหากษัตริย์, พระราชินีและพระญาติพระวงศ์องค์อื่นๆ ที่ถูกขุดขึ้นมา[141] แปดเดือนหลังจากการบรรจุพระบรมศพของพระราชินีแคทเธอรีนนักบวชฌาคส์ เคลมองท์ (Jacques Clément) ก็ลอบปลงพระชนม์พระเจ้าอองรีที่ 3 โดยการแทงด้วยมีดจนสิ้นพระชนม์ ขณะนั้นปารีสถูกล้อมโดยฝ่ายพระเจ้าแผ่นดินนาวาร์ เมื่อพระเจ้าอองรีที่เสด็จสวรรคต อองรีแห่งนาวาร์ก็ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าอองรีที่ 4 ซึ่งทำให้การปกครองโดยราชวงศ์วาลัวส์เป็นเวลาร่วมสี่ร้อยปีสิ้นสุดลงและเริ่มการปกครองโดยราชวงศ์บูร์บอง

มีหลักฐานว่าพระเจ้าอองรีที่ 4 กล่าวถึงพระราชินีนาถแคทเธอรีนว่า:

ข้าพเจ้าขอถามท่านเถอะว่า, ผู้หญิงควรจะทำอย่างไร, เมื่อสามีตายและเธอถูกทิ้งไว้กับลูกเล็กๆ ห้าคนในวงแขน, และสองตระกูลในฝรั่งเศสที่ต่างก็ต้องการที่จะครองราชบัลลังก์—ตระกูลของเรา (บูร์บอง) และตระกูลกีส เธอจะไม่ถูกบังคับให้เล่นบทที่หลอกตระกูลแรกและหันไปทำอย่างเดียวกันกับตระกูลหลัง, เพื่อที่จะปกป้อง, ซึ่งเธอก็ทำ, ลูกของเธอผู้ต่อมาปกครองติดต่อกันมาภายใต้ความปรีชาสามารถของเธอหรือ? ข้าพเจ้าประหลาดใจที่เธอไม่ทำเลวไปกว่านั้น[142]